pLenti-U6-gRNA-Cas9-P2A-EGFP-Bla是碧云天自行研发的用于方便地插入靶向目的基因的sgRNA (Single guide RNA)并使用CRISPR/Cas9基因编辑(Gene editing)系统进行基因编辑的质粒。本质粒表达绿色荧光蛋白EGFP (Enhanced green fluorescent protein)便于观察转染效率或感染效果,同时携带了Bla抗性,方便后续进行多克隆或单克隆稳定细胞株的筛选。本质粒在插入靶向目的基因的sgRNA后,可以直接转染细胞进行基因编辑,也可以用于包装慢病毒后感染细胞或组织进行基因编辑。
慢病毒(Lentivirus)是以HIV-1 (人类免疫缺陷1型病毒)为基础发展起来的病毒载体系统。它能高效地将目的基因(蛋白质编码序列或小RNA)导入动物或人的原代细胞或细胞系。慢病毒的宿主范围广,对分裂细胞和非分裂细胞均具有感染能力,可以将外源基因有效地整合到宿主染色体上,从而达到持久性表达,被广泛应用到各种细胞系的基因过表达、RNA干扰、microRNA研究以及活体动物实验中[1-3]。本慢病毒载体进行了多方面的改造,删除了慢病毒绝大部分的致病基因,并使包装后的病毒失去了自我复制能力,安全性大大提升,并能有效提高外源基因的表达效果。本质粒可以和pCMV-VSV-G (D8215)以及pCAG-dR8.9 (D8216)配合使用进行慢病毒的包装。
本质粒经过BsmBⅠ (CGTCTC(1/5)^)限制性核酸内切酶消化后,切除图谱中标示的filler,把设计好的靶向特定基因的sgRNA序列经退火后形成的双链寡核苷酸片段连接到载体中,就能构建成相应的用于基因编辑的质粒了。
本质粒中使用了人源化脓性链球菌Cas9 (Humanized S. pyogenes Cas9, hSpCas9)。hSpCas9是一种能在sgRNA的引导下切割双链DNA的核酸内切酶。在sgRNA的引导下,Cas9剪切基因靶位点产生双链DNA断裂,随后在细胞DNA修复过程中会导致基因靶位点处的插入、删除或替换,从而可能产生移码突变,导致目的基因的缺失突变。当设计的sgRNA的基因靶位点相对比较靠近5'端的时候,就能导致通常所说的基因敲除。本质粒中在hSpCas9的C端添加了核定位信号(Nuclear localization signal, NLS),能够有效确保hSpCas9定位在细胞核,从而有效提高基因编辑效率。
本质粒表达的Cas9带有Flag标签,可通过Flag抗体(AF0036/AF5051/AF519)检测Cas9的表达。同时本质粒中Cas9-Flag和EGFP之间通过P2A连接。EGFP与Cas9-Flag同时翻译,可以呈现很强的绿色荧光,可以在荧光显微镜下非常便捷地观察到本质粒的表达情况(图1),并且也方便使用流式细胞仪分选阳性细胞。P2A是一个可以被理解为含有19个氨基酸残基(ATNFSLLKQAGDVEENPGP)的“自剪切”小肽。但实际的过程并不是发生自剪切,而是使核糖体跳过P2A等2A元件C端的甘氨酸和脯氨酸肽键的合成而发挥作用,最终导致2A序列末端和下游产物分离。上游Cas-Flag的C端将会添加一些额外的P2A残基(GSGATNFSLLKQAGDVEENPG),而下游蛋白的N端将会有额外的脯氨酸。在P2A肽的N端加入GSG序列,可提高剪切效率。
图1.碧云天pLenti-U6-gRNA-Cas9-P2A-EGFP-Bla质粒使用Lipo8000™转染试剂(C0533)转染293T细胞后的表达效果图。左侧为明场照片,右侧为荧光照片。
本质粒为氨苄青霉素(Ampicillin)和杀稻瘟菌素S (Blasticidin S)抗性。在大肠杆菌中呈现氨苄青霉素抗性。本质粒转染哺乳动物细胞后,可使用Blasticidin S HCl (灭瘟素S) (ST018)筛选多克隆或单克隆细胞株。
pLenti-U6-gRNA-Cas9-P2A-EGFP-Bla质粒的主要信息如下:
Feature Nucleotide |
Position |
CMV promoter |
1-199 |
5' LTR (truncated) |
217-397 |
HIV-1 Ψ |
444-569 |
RRE |
1062-1295 |
cPPT/CTS |
1822-1939 |
U6 promoter |
1990-2230 |
filler |
2235-4119 |
gRNA scaffold |
4120-4195 |
EF-1α core promoter |
4257-4468 |
Kozak sequence |
4487-4496 |
Cas9 |
4493-8596 |
nucleoplasmin NLS |
8597-8644 |
FLAG |
8645-8668 |
P2A |
8678-8734 |
EGFP |
8735-9454 |
WPRE |
9470-10058 |
Factor Xa site |
9941-9952 |
3' LTR (ΔU3) |
10130-10363 |
bGH poly(A) signal |
10395-10619 |
f1 ori |
10665-11093 |
SV40 promoter |
11107-11436 |
SV40 ori |
11287-11422 |
EM7 promoter |
11484-11531 |
BSD |
11550-11948 |
SV40 poly(A) signal |
12078-12199 |
M13 rev |
12248-12264 |
lac operator |
12272-12288 |
lac promoter |
12296-12326 |
CAP binding site |
12341-12362 |
ori |
12650-13238 |
AmpR |
13409-14269 |
AmpR promoter |
14270-14374 |
CMV enhancer |
14640-15019 |
pLenti-U6-gRNA-Cas9-P2A-EGFP-Bla质粒(15020bp)的图谱如下:
pLenti-U6-gRNA-Cas9-P2A-EGFP-Bla的详细图谱见说明书:https://www.beyotime.com/Manual/D8307 pLenti-U6-gRNA-Cas9-P2A-EGFP-Bla.pdf
pLenti-U6-gRNA-Cas9-P2A-EGFP-Bla中没有的酶切位点包括:
AarI |
AbsI |
AscI |
AsiSI |
AspI |
AxyI |
BoxI |
Bse21I |
BsiWI |
BstEII |
BstHPI |
BstPI |
BstPAI |
Bsu36I |
CpoI |
CspI |
Eco81I |
Eco91I |
EcoO65I |
FseI |
FspAI |
HpaI |
I-CeuI |
I-PpoI |
I-SceI |
KspAI |
MauBI |
MreI |
PaeR7I |
PalAI |
Pfl23II |
PflFI |
PI-PspI |
PI-SceI |
PshAI |
PspEI |
PspLI |
PspXI |
PsyI |
RgaI |
RigI |
RsrII |
Rsr2I |
SbfI |
SdaI |
SfaAI |
SfiI |
Sfr274I |
SgfI |
SgrAI |
SgsI |
SlaI |
SrfI |
Sse8387I |
Tth111I |
XhoI |
pLenti-U6-gRNA-Cas9-P2A-EGFP-Bla中的单酶切位点包括:
Acc65I |
G`GTAC,C |
1984 |
NheI |
G`CTAG,C |
4208 |
AfeI |
AGC|GCT |
4483 |
NotI |
GC`GGCC,GC |
907 |
AgeI |
A`CCGG,T |
4470 |
PacI |
TTA,AT`TAA |
1980 |
AvrII |
C`CTAG,G |
11421 |
PasI |
CC`CWG,GG |
6262 |
BamHI |
G`GATC,C |
8669 |
PluTI |
G,GCGC`C |
404 |
BbvCI |
CC`TCA,GC |
1183 |
PmeI |
GTTT|AAAC |
10373 |
BmtI |
G,CTAG`C |
4212 |
SacII |
CC,GC`GG |
9973 |
BspDI |
AT`CG,AT |
3277 |
SexAI |
A`CCWGG,T |
11188 |
BsrGI |
T`GTAC,A |
9444 |
SfoI |
GGC|GCC |
402 |
BssHII |
G`CGCG,C |
474 |
SgrDI |
CG`TCGA,CG |
14403 |
BstBI |
TT`CG,AA |
2849 |
SmaI |
CCC|GGG |
11444 |
BstZ17I |
GTA|TAC |
12210 |
SnaBI |
TAC|GTA |
14995 |
ClaI |
AT`CG,AT |
3277 |
SpeI |
A`CTAG,T |
14654 |
EcoRI |
G`AATT,C |
4202 |
StuI |
AGG|CCT |
11420 |
EcoRV |
GAT|ATC |
6346 |
SwaI |
ATTT|AAAT |
3632 |
FspI |
TGC|GCA |
13704 |
TspMI |
C`CCGG,G |
11442 |
KasI |
G`GCGC,C |
400 |
XbaI |
T`CTAG,A |
4476 |
KpnI |
G,GTAC`C |
1988 |
XmaI |
C`CCGG,G |
11442 |
NarI |
GG`CG,CC |
401 |
|
|
|
pLenti-U6-gRNA-Cas9-P2A-EGFP-Bla质粒可使用的测序引物序列如下:
sgRNA的测序引物hU6-F primer: 5'-GAGGGCCTATTTCCCATGATT-3'
pLenti-U6-gRNA-Cas9-P2A-EGFP-Bla的全序列信息:D8307 pLenti-U6-gRNA-Cas9-P2A-EGFP-Bla序列.txt
包装清单:
产品编号 |
产品名称 |
包装 |
D8307-1μg |
pLenti-U6-gRNA-Cas9-P2A-EGFP-Bla |
1μg |
D8307-100μg |
pLenti-U6-gRNA-Cas9-P2A-EGFP-Bla |
100μg |
- |
说明书 |
1份 |
保存条件:
-20℃保存。
注意事项:
本质粒未经碧云天书面许可不得用于任何商业用途,也不得移交给订货人所在实验室外的任何个人或单位。
本产品仅限于专业人员的科学研究用,不得用于临床诊断或治疗,不得用于食品或药品,不得存放于普通住宅内。
为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。